Il Consorzio Venezia Nuova ha conseguito da parte del RINA la Certificazione del proprio Sistema di Gestione Qualità, secondo la norma UNI EN ISO 9001:2000, nell'aprile 2004. Tale certificazione, rinnovata nel  febbraio 2010 (secondo la norma UNI EN ISO 9001:2008), riguarda, come campo di applicazione, l’insieme dei processi e servizi realizzati del Consorzio Venezia Nuova in relazione alle opere per la salvaguardia di Venezia e ha l’obiettivo di dimostrare il rispetto dei requisiti di qualità fissati per studi, progetti e opere, nonché l’impegno a un continuo miglioramento.

La certificazione rappresenta il riconoscimento da parte di un ente terzo, dell'attenzione posta dal Consorzio Venezia Nuova ai requisiti di Qualità e dell'organizzazione messa in atto a tale scopo. Il campo di applicazione del Sistema di Qualità è rappresentato dai principali processi operativi e gestionali del Consorzio Venezia Nuova quali:

• acquisizione degli incarichi da parte del Magistrato alle Acque
• definizione dei piani di progetto e di sviluppo necessari alla conduzione di studi, indagini, progetti e opere
• pianificazione e controllo delle attività di produzione.

L'attuazione di un sistema di gestione per la Qualità comporta la misura delle prestazioni dei processi aziendali e la conseguente definizione di eventuali azioni di "miglioramento continuo".

Il sistema prevede l'integrazione con le iniziative formative e tecnologiche del Consorzio Venezia Nuova quali knowledge management e sviluppo dell'informatica.
Gli obiettivi della costruzione del Sistema di gestione per la Qualità sono:

• visione dell'azienda attraverso i suoi processi
• condivisione degli obiettivi
• orientamento al cliente
• condivisione della conoscenza
• riduzione delle inefficienze.